军士长查尔斯是海军的高级潜水员，被发现尸体漂浮在公海之上，而洛蕾塔检查他身上的伤口之时，也是疑点重重，很多伤口连她都没有见过。塞巴斯蒂安在海岸警卫队的帮忙下，找到了查尔斯可能潜水的位置，道恩于是跟布罗迪一起出海寻找查尔斯的船。找到查尔斯的船时，道恩发现船上有很多血迹，还在船舱里发现了受伤的前任海军陆战队的排长迈克尔。道恩在迈克尔醒来后，去医院跟他了解了一下情况，迈克尔对当时的情形记不太清楚，他只知道被两个穿专业潜水伏的人给袭击的。布罗迪在船上重演案情，认为船上一定还有别人，而血迹化验也证实属于某个还不知道的人物。塞巴斯蒂安通过查尔斯身上的微生物，找到了查尔斯潜水的位置，克里斯托弗潜水下去之后，找到了查尔斯留在海底的摄录机。摄录机拍到了查尔斯被杀的过程，证实他是被潜水艇给杀死了，而这个潜水艇NCIS没办法找到所属者。布罗迪想通过简洁的手续，看到声呐日志，所以直接去找了约翰，结果正好从约翰那里得知，有可疑组织准备袭击新奥尔良，正是利用杀死查尔斯的那艘运毒潜艇运送袭击的东西，只是他们并不知道运送的究竟是什么。在运毒潜艇上面，有很多的血迹，道恩便让布罗迪从诊所方面，查找嫌疑人。就在NCIS大肆查找受伤可疑人员之时，洛蕾塔和塞巴斯蒂安得知了一些新线索，而道恩也正通过与迈克尔的交谈，想起了嫌疑人受伤的过程，所以道恩猜测嫌疑人是肾受了伤。根据道恩的线索，克里斯托弗和索妮亚在众多的受伤者中，将范围缩小到了四位，所以他们马上去挨个去排查嫌疑人。克里斯托弗和索妮亚到朱迪家里询问她受伤的原因之时，发现朱迪可能说了谎，而这时跟朱迪一起假扮情侣的亚瑟马上掏出了枪，给克里斯托弗他们突然袭击。亚瑟逃脱了，朱迪被逮捕，可她却什么也不肯说，约翰只好用朱迪的家人威胁于她，朱迪于是假装配合，说出了亚瑟的下落。就在约翰相信朱迪的供词，打算带队去逮捕亚瑟之时，克里斯托弗和索妮亚在朱迪的家中发现了一些线索，认为他们并不是假装情侣的特工，而是真正的恋人。道恩知道朱迪和亚瑟的关系之时，马上就明白过来，朱迪所说的亚瑟的下落是假的，这是一个调虎离山的陷阱。道恩通知布罗迪是陷阱的时候，NCIS的办公室已经被袭击了，雷伊也受了伤，幸好道恩他们及时赶回来，击毙了亚瑟，才救了布罗迪。洛蕾塔在亚瑟的的手上，查出了大量炸药的反应物，认为他一定接触了大量的炸药，而炸药足以炸毁整座新奥尔良。巴顿破解不了朱迪他们的电脑，无法查出幕后主使者，也无法确定他们的目标是哪里，道恩只有给巴顿时间破解电脑。布罗迪去找约翰约会之时，约翰声称朱迪要见他，于是丢下布罗迪离开。约翰去见朱迪之时，关掉了审讯室里的监控，责怪朱迪被捕，然后给了朱迪一粒毒药让她吃下。（本季终）