演员：雨果·维文

矩阵中的杀毒程序，他在矩阵中是没有身体的，由于是杀毒程序，所以被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。是尼奥最大的对手，本片中将于尼奥展开终极对决。

演员：凯瑞·安·莫斯

尼奥爱人，一名逃离了矩阵的电脑程序员和黑客，因侵入一个极其安全的数据库而在黑客界闻名。是墨菲斯的助手，帮助其他人逃离矩阵。

演员：基努·里维斯

矩阵中，他表面是工程师，暗地是黑客。后被墨菲斯找到，并脱离矩阵来到真实世界。被告知其身份为“救世主”，使命是要解救受矩阵控制的人脱离矩阵，受到特工史密斯的百般阻挠。尼奥在对抗矩阵、解救人类的战争中，与特工史密斯展开绝命殊死战。