演员：麦人
作为人类补完委员会的中心人物，在幕后操纵着NERV，是德意志的雅利安系人。平时总用目镜覆盖眼睛，隐藏表情，但并非绝对的权力者，他通常用"我们"的复数形式来自称，让人总感到他只是组织的一员。他与冬月及碇源渡似乎在很久以前便已相识。总体而言，他并不是一个可靠的人。
演员：清川元梦
NERV副司令，碇源堂的得力助手。1999年因为碇唯的关系而认识了碇源堂。因对E计划本身产生了兴趣，他也因此被邀请加入了NERV。冬月对碇唯似乎存在异于一般师生的感情，他似乎也是最了解碇源度所酝酿的人类补完计划的人物。冬月幸增的名字来源于旧日本海军的秋月级驱逐舰第8号舰冬月号。
演员：林原惠美
真嗣的母亲，生于1977年，死于2004年，于学生时代和冬月幸增及碇源度认识，并在毕业不久后与源度结婚。优秀的科学家，是E计划的先驱，提出了人造人的理论。在第二次冲击后生下真嗣，却在真嗣3岁时，因E计划实验而意外的消失在EVA初号机中。
演员：关智一
自命为男子汉的热血男孩，因心爱的妹妹被初号机震伤，事后一直住院，一气之下而把真嗣打了一顿。事后了解到真嗣的有苦难言时，亲自向真嗣道歉，两人成为朋友。后被选为EVA驾驶员，因三号机被使徒霰天使侵蚀，被侵蚀的三号机连续打败了零号机与贰号机，到初号机时，真嗣一想到驾驶舱里坐着与他一样大的小孩，不忍心去攻击，就在快被三号机掐死的真嗣，碇司令下令把初号机设为傀儡系统模式，从而使三号机遭到使用Dummy系统的初号机重创，东治也受了重伤。在漫画版中东治死亡。
演员：山口由里子
NERV技术开发部门首席人员，E计划实际的负责人。她是一个相当有才能的科学家，个性属于绝对理智型，相当果决而明快，而且具备碇源度所缺乏的冷静，常带有一种现实主义式的冷漠无情。虽与美里是大学时代的好朋友，但与性格奔放冲动的美里所不同的，是她作为科学家所特有的冷静与沉着。在几个主角人物里面算是较正常，其信息处理能力及操作电脑的速度是一流的。